腸は「第二の脳」だった。朝のお腹の痛みが教えてくれる、腸内フローラの驚くべき真実【2026年】
2026.02.27
健康について
朝、出かけようとするたびにお腹が痛くなる。そんな経験はありませんか。
実はこれ、「気のせい」でも「弱い胃腸」のせいでもないんです。腸と脳が深くつながっている、という驚きのメカニズムが関係しています。
この記事では、「なぜ朝にお腹が痛くなるのか」という身近な疑問を入り口に、腸内フローラの仕組みや腸脳相関の最新研究、そして今日からできる腸活セルフケアまでを、理学療法士の視点からわかりやすくお伝えします。
💡 この記事について
本記事は、腸内環境や腸内フローラに関する一般的な健康情報を提供するものです。個別の医学的診断や治療の代わりとなるものではありません。お腹の痛みや不調が続く場合は、必ず医療機関を受診してください。
目次
- 朝になるとお腹が痛くなる…これって何？
- 腸は「第二の脳」——その驚くべき理由
- 腸内フローラとは何か？100兆個の細菌が生きている
- 腸脳相関——腸と脳は、常に「会話」している
- 腸内環境が乱れると、何が起きる？
- 今日から始める腸活セルフケア｜食事・運動・睡眠
- よくある質問（FAQ）
- まとめ
- 免責事項
- 参考文献
- 執筆者情報
朝になるとお腹が痛くなる…これって何？
「休日はなんともないのに、仕事の朝だけお腹が痛い」「通勤電車の中で急にお腹が痛くなる」——こんな症状に心当たりはありませんか。
これは過敏性腸症候群（IBS：Irritable Bowel Syndrome）と呼ばれる状態の、典型的なパターンです。
IBSは、腸に炎症や腫瘍などの器質的な病変がないにもかかわらず、腹痛や便通異常が慢性的に続く状態のことです。実は約10%の人がこの状態にあるとされており、決して珍しくはありません。[1]
朝だけ症状が出るのはなぜ？
朝に症状が集中するのには、明確な理由があります。
まず、起床直後は自律神経が切り替わる時間帯です。交感神経と副交感神経のバランスが変わる際に、腸の蠕動運動（ぜんどううんどう：腸が食べ物を肛門方向に送り出す波打つような動き）が一気に活発になります。
さらに、仕事や学校への緊張・ストレスが加わると、腸の動きが過剰になりやすくなります。腸はストレスにとても敏感な臓器だからです。
男性に多い「下痢型」のIBS
IBSにはいくつかタイプがあります。下痢型・便秘型・交替型などに分けられますが、男性には下痢型が多く見られることが分かっています。[1]
下痢型IBSでよく見られるパターンとして、朝食後や通勤・通学途中に症状が現れること、仕事中・授業中などトイレに行きにくい状況で悪化すること、帰宅後や休日には落ち着いていること、緊張や不安があると症状が出やすいことが挙げられます。
「体質だから仕方ない」と思っていた方も、実は腸内環境やストレス管理で改善できる可能性があります。ただし、症状が続く場合は必ず医療機関を受診してください。
⚠️ こんな症状がある場合は早めに受診を
血便・黒色便がある場合、発熱を伴う腹痛がある場合、体重が急激に減少している場合、痛みが1週間以上続く・または悪化している場合、50歳以上で急に症状が現れた場合は、IBSではなく別の疾患が隠れている可能性があります。自己判断せず医療機関を受診してください。
腸は「第二の脳」——その驚くべき理由
「腸は第二の脳（Second Brain）」という言葉を聞いたことがある方も多いと思います。でも、なぜそう呼ばれるのかを知っている方は、意外と少ないかもしれません。
腸には約1億個の神経細胞がある
腸の壁には「腸管神経系（ENS）」と呼ばれる神経のネットワークが張り巡らされています。そこに存在する神経細胞の数は約1億個にのぼります。
これは脊髄の神経細胞よりも多い数です。腸は脳からの指示がなくても、自律的に動くことができます。「第二の脳」と呼ばれるのは、この独立した神経系を持っているからです。
セロトニンの約95%は腸で作られる
「幸せホルモン」として知られるセロトニン。このセロトニンの約95%は、腸の中で作られています。[2]
セロトニンは脳内での気分調節に関わる物質ですが、腸での産生量が腸内細菌の状態に大きく左右されることが分かってきました。つまり、腸の状態が気分や精神的な健康とも深くつながっているわけです。
免疫細胞の約70%が腸に集中している
腸は消化器官であるだけでなく、免疫機能の中心地でもあります。体内の免疫細胞の約70%が腸に集まっているとされています。[3]
腸内に侵入してくる食べ物や細菌などの外敵と常に接しているため、腸は人体最大の免疫器官としての役割を担っているのです。これが「腸を整えると体の調子が良くなる」という話の根拠の一つです。
腸内フローラとは何か？100兆個の細菌が生きている
腸内フローラとは、腸の中に生息している細菌の集まりのことです。「フローラ（Flora）」は「お花畑」を意味する言葉で、顕微鏡で見ると細菌が群れをなしている様子がお花畑に見えることから名付けられました。
驚異の規模——1,000種類・100兆個
腸内に棲む細菌の種類は1,000種類以上、数にすると100兆個以上にのぼります。重さに換算すると体内で約1〜2kgにもなります。[4]
この「1〜2kg」というのは、1リットルのペットボトル1〜2本分の重さに相当します。これだけ多くの細菌が腸内に存在し、私たちの健康を陰で支えているのです。
善玉菌・悪玉菌・日和見菌のバランス
腸内細菌は大きく3種類に分けられます。
善玉菌（有用菌） は乳酸菌やビフィズス菌などが代表的です。腸内の環境を酸性に保ち、悪玉菌の増殖を抑えます。消化吸収を助けたり、免疫機能を高めたりする働きもあります。
悪玉菌（有害菌） はウェルシュ菌などが代表的です。腸内でタンパク質や脂質を腐敗させ、有害物質を産生します。増えすぎると腸内環境が乱れ、さまざまな不調の原因になります。
日和見菌 は善玉菌にも悪玉菌にも属さないグループです。腸内細菌の大半を占め、善玉菌・悪玉菌のどちらが優勢かによって、味方にも敵にもなります。
理想的なバランスは善玉菌2：悪玉菌1：日和見菌7とされています。[4]
腸内フローラは人それぞれ違う
腸内フローラの構成は、同じ家族でも一人ひとり異なります。遺伝的な要因のほか、食習慣・生活リズム・ストレス・年齢なども影響します。
日本人の腸内フローラには、ビフィズス菌が比較的多いという特徴があります。これは、海藻や発酵食品を多く食べてきた日本の食文化と関係していると考えられています。[5]
腸脳相関——腸と脳は、常に「会話」している
腸と脳が影響し合うことを「腸脳相関（Gut-Brain Axis）」と言います。これは近年、世界的に注目されている研究分野です。
3つのルートで繋がっている
腸と脳は、主に次の3つのルートで信号をやり取りしています。
① 迷走神経（自律神経）ルート では、腸から脳へ全体の約80〜90%の情報が迷走神経を介して上がっていくとされています。腸は「情報を受け取るだけ」ではなく、脳に向けて積極的に情報を発信しているのです。
② 内分泌（ホルモン）ルート では、腸の細胞が多種類のホルモンを分泌します。セロトニンのほか、満腹感に関わるホルモンなども腸で作られ、血流に乗って脳に届きます。
③ 免疫ルート では、腸内細菌が産生する物質（短鎖脂肪酸など）が免疫系に影響を与え、それが神経系や脳にも波及することが分かっています。
最新研究：腸内菌が脳の神経細胞を育てる
2024年12月、東京大学と産業技術総合研究所の研究グループが、驚くべき発見を発表しました。腸内細菌叢が、大人の脳に新しく生まれる神経細胞の正常な発達に必要であることを解明したのです。[6]
記憶や感情の調整に関わる「成体神経新生（脳が新しい神経細胞を作り出す現象）」に、腸内細菌が深く関与していることを示したこの研究は、腸と脳のつながりに新たな側面があることを示しています。
ストレスが朝の腹痛を引き起こすメカニズム
「仕事の朝だけお腹が痛い」のは、この腸脳相関が大きく関係しています。
ストレスや緊張を感じると、脳から腸に「警戒」の信号が送られます。すると腸の収縮運動が過剰になり、また、普段は感じない程度の刺激でも「痛み」として感じやすくなります。これを内臓知覚過敏（ないぞうちかくかびん）と呼びます。[1]
逆に、腸内環境が乱れていると、腸から脳に「不調」の信号が届き、気分の落ち込みや不安感に繋がることもあります。腸と脳は「双方向」で常に会話しているわけです。
腸内環境が乱れると、何が起きる？
腸内フローラのバランスが崩れた状態を「ディスバイオシス（dysbiosis）」と言います。ディスバイオシスはさまざまな不調のきっかけになると考えられています。
消化器症状
最も直接的な影響が消化器に現れます。便秘や下痢・お腹の張り・ガスの増加・腹痛などが起こりやすくなります。過敏性腸症候群（IBS）との関連も指摘されています。[1]
免疫機能への影響
腸内環境の乱れは免疫系にも波及することがあります。風邪をひきやすくなる、アレルギー症状が悪化するといったことが起きやすくなる可能性があると考えられています。
メンタルへの影響
腸脳相関を通じて、気分の落ち込みや不安感・集中力の低下につながることが研究で示されています。腸内細菌叢の多様性が低い人ほど、うつや不安と関連する傾向があるとの報告もあります。[2]
腸内環境を乱す主な原因
以下のような生活習慣が、腸内フローラのバランスを崩しやすいとされています。動物性脂質・タンパク質の過剰摂取や食物繊維の不足といった食生活の乱れ、過度な飲酒、睡眠不足・不規則な生活リズム、慢性的なストレス、抗生物質の使用、運動不足などが代表的です。
今日から始める腸活セルフケア｜食事・運動・睡眠
腸内環境を整えるためには、特別なサプリメントよりも、日々の生活習慣の積み重ねが重要とされています。食事・運動・睡眠の3つを柱に、実践的なセルフケアをご紹介します。
⚠️ セルフケアを始める前に 持病や既往歴がある方、症状が強い方は、自己判断でセルフケアを始める前に医師や理学療法士にご相談ください。
【食事】腸内フローラを育てる食べ方
プロバイオティクス：善玉菌を直接補給する
プロバイオティクスとは、生きたまま腸に届き、腸内フローラに好影響を与える微生物のことです。代表的な食品として、ヨーグルト（乳酸菌・ビフィズス菌）、納豆（枯草菌）、味噌・醤油・漬物（乳酸菌）、キムチ・ザワークラウト（乳酸菌）などが挙げられます。
毎日少量ずつ継続して摂ることが大切です。体質によって効果のある菌の種類が異なるため、いくつかの食品を組み合わせて試してみることをおすすめします。
プレバイオティクス：善玉菌のエサを与える
善玉菌を増やすには、善玉菌のエサとなる「プレバイオティクス」も重要です。水溶性食物繊維（オートミール・大麦・海藻・ごぼう・玉ねぎ・りんごなど）と、オリゴ糖（バナナ・大豆・ハチミツ・ねぎ・アスパラガスなど）が代表的です。
特に「発酵性食物繊維（水溶性食物繊維）」は、腸内細菌のエサになりやすく、短鎖脂肪酸（酪酸など）を産生します。短鎖脂肪酸は腸の細胞のエネルギー源になるほか、脳の炎症を抑える効果も期待されています。[7]
避けたい食べ方
高脂肪・高タンパク質な食事の過剰摂取、食物繊維が極端に少ない食事、過度な飲酒、不規則な食事時間（腸のリズムが乱れる原因になる可能性があります）は、腸内環境の乱れにつながりやすいとされています。
【運動】腸に効く動かし方
運動は腸内細菌の多様性を高め、善玉菌を増やす可能性があることが研究で報告されています。[7]
ウォーキング：最もシンプルな腸活運動
1日20〜30分のウォーキングが、腸の蠕動運動を促進する効果が期待できます。歩くことで腸が軽く揺れ、自然に動きが活発になります。食後1〜2時間後の散歩が特に効果的と言われています。ただし、食直後の激しい運動は逆効果になる場合があるので注意してください。
腸を意識したセルフケア
お腹まわりのマッサージは、仰向けに寝てリラックスした状態で、おへそのまわりを「の」の字を書くように時計回りにゆっくりとマッサージします。1回2〜3分を目安に、力を入れすぎず優しく行いましょう。
腹式呼吸は、鼻からゆっくり息を吸ってお腹を膨らませ、口からゆっくり息を吐いてお腹をへこませます。1回5分程度を1日2〜3回行うことで、自律神経（副交感神経）が優位になり、腸の動きが整いやすくなります。
⚠️ 運動時の注意 腹痛や下痢の症状が強い時は、激しい運動は控えてください。症状が落ち着いてから、軽いウォーキングから始めることをおすすめします。
理学療法士の視点：「姿勢」と腸の関係
理学療法士の立場から一点加えると、姿勢の悪さが腸の動きに影響することがあります。猫背や強い前傾姿勢は腸を圧迫しやすくなります。デスクワークや長時間のスマホ操作では、意識的に背筋を伸ばす習慣も腸活の一つとして取り入れてみてください。
【睡眠】腸のリズムを整える眠り方
腸の動きは体内時計（サーカディアンリズム）と深く連動しています。睡眠の乱れは腸内フローラのバランスを崩す原因になると考えられています。
腸のために気をつけたい睡眠のポイントとして、就寝・起床時刻を一定に保つこと、就寝2〜3時間前の食事を避けること、就寝前のスマホ・PC使用を控えること（ブルーライトが体内時計を乱す可能性がある）、毎日朝食を食べることが挙げられます。
朝食をとることで、起床後に腸の蠕動運動が促される「胃結腸反射」が正常に働きやすくなります。朝の腹痛に悩んでいる方も、まず朝食の習慣を見直してみることをおすすめします。
【ストレスケア】腸脳相関を逆に活かす
腸脳相関は「ストレスが腸を乱す」だけでなく、「腸を整えることで心も整う」という双方向の関係です。日常でできるストレスケアとして、腹式呼吸や瞑想（副交感神経を優位にし腸の緊張を和らげる）、軽い有酸素運動（ストレスホルモンを下げる）、睡眠の質を高めること、食事の時間をゆっくり楽しむことが参考になります。
よくある質問（FAQ）
Q1. 朝のお腹の痛みは、毎日続いても大丈夫ですか？
A. 朝のお腹の痛みが数週間以上続く場合は、医療機関を受診することをおすすめします。過敏性腸症候群（IBS）の可能性があるほか、血便・発熱・体重減少を伴う場合は炎症性腸疾患やその他の疾患が隠れている可能性もあります。自己判断せず、専門家に相談しましょう。
Q2. ヨーグルトを毎日食べれば腸内環境は改善しますか？
A. ヨーグルトは腸内環境の改善に役立つ可能性があります。ただし、含まれる菌の種類によって効果は異なり、継続的な摂取と食物繊維（プレバイオティクス）の摂取を組み合わせることが重要です。ヨーグルトだけに頼らず、食事全体のバランスを整えることが基本です。
Q3. 腸活のために運動をしたいですが、お腹が痛い時はどうすれば良いですか？
A. 腹痛や下痢の症状が強い時は、無理な運動は控えてください。症状が落ち着いている時間帯に、軽いウォーキングや腹式呼吸などから始めることをおすすめします。症状が続く場合や、運動後に悪化する場合は、医師や理学療法士に相談してください。
Q4. 腸内フローラは食事だけで変えられますか？
A. 食事は腸内フローラに大きく影響しますが、食事だけで劇的に変えることは難しいとされています。食事・運動・睡眠・ストレス管理を組み合わせることが重要です。腸内フローラは個人差が大きく、一つの方法ですべての人に同じ効果が出るわけではありません。
Q5. 抗生物質を飲んだ後、腸内環境が乱れた気がします。どうすれば良いですか？
A. 抗生物質は善玉菌・悪玉菌を問わず腸内細菌を減らしてしまうため、服用後に腸内環境が乱れることがあります。医師から整腸剤を併用するよう指示されることもあります。自己判断でサプリメントなどを追加する前に、担当医に相談することをおすすめします。
Q6. 腸内フローラの状態は検査でわかりますか？
A. 近年、腸内細菌の遺伝子を調べる腸内フローラ検査が普及しています。ただし、現時点では「どの状態が理想か」という明確な基準はまだ確立されていない部分も多く、検査結果の解釈には専門家のアドバイスが必要です。気になる方は医療機関に相談してみてください。
Q7. 「腸活」をしても効果が感じられません。どうすれば良いですか？
A. 腸内フローラの改善には、一般的に数週間〜数ヶ月の継続が必要とされています。また、個人差が大きいため、ある方法が自分に合わない場合もあります。食事・運動・睡眠の複数のアプローチを組み合わせながら継続することが大切です。それでも改善が見られない場合は、医療機関や専門家への相談をおすすめします。
まとめ
腸は「第二の脳」と呼ばれるほど複雑な神経系を持ち、セロトニンの産生、免疫機能の中心、腸脳相関を通じた脳への影響など、私たちの健康に多方面から関わっています。
朝のお腹の痛みは、腸と脳が密接につながっているサインの一つです。ストレス・食生活・睡眠・運動という日々の習慣が、腸内フローラのバランスを大きく左右しています。
腸内環境を整えるためにできることとして、食事では発酵食品（ヨーグルト・納豆・味噌）と食物繊維（海藻・根菜・豆類）を積極的にとることが基本です。運動ではウォーキングや腹式呼吸など無理のない範囲で継続することが大切です。睡眠では就寝・起床時刻を一定に保ち、朝食を欠かさないことが腸のリズムを整えます。ストレスケアでは腹式呼吸や軽い運動で副交感神経を整えることが参考になります。
腸活は毎日の積み重ねで少しずつ腸内環境が育まれていくものです。まずは一つ、できることから始めてみてください。
お腹の痛みや便通異常が続いている場合・日常生活に支障が出ている場合は、医療機関や理学療法士にご相談されることをおすすめします。
免責事項
記事の目的と性質
本記事は、腸内環境・腸内フローラ・腸脳相関に関する一般的な健康情報を提供することを目的としています。理学療法士の専門的視点から、科学的根拠に基づいた情報をわかりやすく解説していますが、以下の点にご注意ください。
本記事の限界
- 個別診断の代替不可：本記事の情報は、あなた個人の症状や状態に対する診断・治療を提供するものではありません
- 医療行為ではない：記事内容は医療行為や医学的助言ではなく、一般的な情報提供です
- 自己判断のリスク：本記事の情報のみに基づく自己判断や自己治療は、症状の悪化や重大な健康被害につながる可能性があります
医療機関受診の推奨
以下の場合は、必ず医療機関を受診してください。腹痛や便通異常が1週間以上続いている場合、症状が悪化している場合、血便・発熱・体重減少を伴う場合、日常生活に支障が出ている場合、持病や既往歴がある場合、高齢者・妊娠中の方は特に注意が必要です。
医師や理学療法士などの専門家による適切な診断と治療を受けることが最も重要です。
情報の正確性について
本記事は2026年2月時点の最新情報に基づいて作成されており、信頼できる医学的根拠や公的ガイドラインを参照しています。しかし、医学・医療情報は常に更新されており、将来的に内容が変更される可能性があります。
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参考文献
- 日本消化器病学会. 患者さんとご家族のための過敏性腸症候群（IBS）ガイド2023. 日本消化器病学会, 2023. https://www.jsge.or.jp/committees/guideline/disease/pdf/ibs_2023.pdf
- MSDマニュアル プロフェッショナル版. 過敏性腸症候群（IBS）. MSD, 2024. https://www.msdmanuals.com/ja-jp/professional/01-%E6%B6%88%E5%8C%96%E7%AE%A1%E7%96%BE%E6%82%A3/%E9%81%8E%E6%95%8F%E6%80%A7%E8%85%B8%E7%97%87%E5%80%99%E7%BE%A4-ibs/%E9%81%8E%E6%95%8F%E6%80%A7%E8%85%B8%E7%97%87%E5%80%99%E7%BE%A4-ibs
- アリナミン製薬. 腸内フローラって何？腸活をはじめる前に知っておきたい基礎知識. https://bio-three.jp/contents/cont04.html
- 国立長寿医療研究センター. あなたの腸は大丈夫？―いきいき腸内細菌！―. https://www.ncgg.go.jp/hospital/navi/20.html
- 三井物産. 腸内細菌の役割とは——健康の要、「腸」から紐解くウェルビーイング. 2025年1月. https://www.mitsui.com/wellness/1875/
- 東京大学大学院農学生命科学研究科・産業技術総合研究所. 腸内菌が脳に果たす新たな役割を発見. STEM CELLS誌掲載, 2024年12月16日. https://www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/topics_20241216-1.html
- ひろつ内科クリニック. 腸活の最前線：最新エビデンスで読み解く、健康と美容の鍵. https://hirotsu.clinic/blog/%E8%85%B8%E6%B4%BB%E3%81%AE%E6%9C%80%E5%89%8D%E7%B7%9A%EF%BC%9A%E6%9C%80%E6%96%B0%E3%82%A8%E3%83%93%E3%83%87%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%81%A7%E8%AA%AD%E3%81%BF%E8%A7%A3%E3%81%8F%E3%80%81%E5%81%A5%E5%BA%B7
執筆者情報
本記事は、理学療法士の専門的視点から作成しました。リハビリテーション・運動生理学・姿勢と内臓機能の関係に関する科学的根拠に基づいた情報提供を心がけています。
